Jan Kovařovic se na úsilí o proměnu českého vzdělávání podílel od roku 1990, kdy se stal členem NEMES (Nezávislá mezioborová skupina pro transformaci vzdělávání). Ta byla mimořádná i tím, že sdružovala nejen odborníky na vzdělávání, ale i z jiných profesí. Jan Kovařovic byl profesí architekt, ke školství měl ale blízko i kvůli tomu, že se zabýval především navrhováním školních budov. Díky živým kontaktům se zahraničím dokázal do diskuze vnášet nové perspektivy.
Podílel se na přípravě důležitých dokumentů vzdělávací politiky 90. let, jako je stať Kvalita a odpovědnost (1994). Patřil k autorskému týmu připravujícímu tzv. Bílou knihu (Národní program rozvoje vzdělávání v ČR, 2002), která pojmenovávala myšlenková východiska pro vládní strategii v oblasti vzdělávání. Vzdělávací politikou a srovnáváním vzdělávacích systémů se zabýval i ve Středisku vzdělávací politiky Pedagogické fakulty Univerzity Karlovy, kde působil před odchodem do důchodu.
Jako čestný člen SKAV vždy podporoval myšlenku spolupráce a demokratickou výměnu názorů, které patří mezi základní pilíře, na nichž tato organizace stojí. Podílel se na vypracování Desatera SKAV, v němž členské organizace pojmenovávají základní principy pro vzdělávání a které určují rámec, v němž SKAV působí. Jeho osobnost a principy, pomáhal formulovat a a prosazovat, ovlivnily a stále ovlivňují naše přemýšlení o budoucnosti školství.
“Hlavní síla Ing. Kovařovice byla v brilantním systémovém myšlení, vystižení podstaty, byl schopen současně vidět za vysoce obecnými pojmy jejich realizaci v konkrétní podobě v každodenní praxi. V základu filozofie NEMES byla změna vztahu učitelů k žákům. Tedy že je třeba působit na myšlení učitelů. V souladu s tím byla i jeho přednášková činnost: nebyly to přednášky o principech změny ve vzdělávání, ale také přednášky, kde pomocí záběrů ze škol ve Velké Británii a Norsku, kde působil několik let jako architekt, přibližoval na začátku 90. let přístupy ve výuce, které byly za éry socialismu až na malé výjimky prakticky neznámé,” vzpomíná na jeho působení Jana Nováčková, autorka Respektovat a být respektován a také čestná členka SKAV.
“Desatero SKAV je stále nositelem hodnot a principů, ke kterým se hlásí 36 asociací či organizací působících ve vzdělávání. Velký dík patří všem, včetně pana Kovařovice, kteří pro naši současnou práci ve vzdělávacím prostoru vytvořili tyto kořeny,” říká ředitelka SKAV Petra Keprtová.